Luas daratan Jepang 378.000 km2, yaitu satu per dua puluh lima dari luas Amerika Serikat (sedikit lebih kecil daripada Kalifornia), satu per dua puluh dari Australia, dan 1,5 kali luas Britania. (Bandingkan dengan luas daratan Indonesia : 2.027.087 km2). Tiga perempat negeri Jepang bergunung-gunung, sedangkan bagian selebihnya berbentuk dataran dan cekungan. Jepang terdiri dari rangkaian pulau-pulau yang membentang sepanjang 3000 kilometer dari utara ke selatan. Empat pulau utamanya adalah Hokkaido, Honshu, Shikoku, dan Kyushu.
Jepang dikelilingi laut. Arus hangat dan dingin mengalir melalui laut-laut di sekitarnya, sehingga membentuk lingkungan yang mendukung berkembangnya berbagai spesies ikan. Sebagian besar Jepang berada dalam Zona Utara Beriklim Sedang dan beriklim monsun yang lembab, dengan angin tenggara yang bertiup dari Samudera Pasifik selama musim panas dan angin barat-laut yang bertiup dari benua Eurasia (Eropa-Asia) pada musim dingin.
Negeri Jepang mempunyai empat musim yang jelas batasnya. Dua dari pemandangan yang paling indah di Jepang adalah ketika bunga sakura bermekaran di musim semi dan dedaunan berubah menjadi warna-warni merah, jingga, dan kuning yang mempesonakan pada musim gugur. Rakyat Jepang menikmati petanda-petanda perubahan musim dan mengamati perkembangannya dengan memperhatikan laporan cuaca, yang menampilkan peta di mana sakura sedang bermekaran pada musim semi dan dedaunan musim gugur sedang indah-indahnya.
Ujung utara dan selatan Jepang mempunyai iklim yang sangat berbeda. Misalnya, pada bulan Maret, orang dapat berjemur sinar matahari di wilayah selatan atau bermain ski di wilayah utara!
Jepang kerap dilanda berbagai bencana alam berat seperti taifun, letusan gunung api, dan gempa bumi. Bencana demikian bisa menelan banyak korban jiwa, seperti Gempa Bumi Kobe Januari 1995, maka rakyat Jepang terus berupaya keras selama bertahun-tahun agar kerusakan akibat bencana dapat ditekan seminimalnya. Jepang menerapkan teknologi canggih untuk merancang bangunan-bangunan yang tahan-gempa dan mengamati jalur angin badai dengan tingkat ketepatan yang tinggi.
